Film ini dimulai dengan Fuyuki Hinata dan Keroro Platoon menjelajahi sebuah kuil ditinggalkan di kota gunung Machu Picchu di Peru. Sementara di eksplorasi, Keroro sengaja set off jebakan, dan secara kebetulan mereka menemukan ruang tersembunyi dengan kristal biru besar di tengah, pada stand yang memiliki kunci di dalamnya. Keroro bersandar pada tombol, menyebabkan ruang untuk mengaktifkan mesin misterius, ini menyebabkan seluruh kuil bergetar. Begitu kelompok menyadari apa yang terjadi, mereka lari keluar dari ruangan. Sementara berjalan, Keroro sengaja kehilangan nya Kero Bola sementara Fuyuki menangkap sekilas sekilas seorang wanita muda bersinar saat ia berjalan keluar, dan memberitahu Keroro bahwa ada seorang gadis di dalam ruangan, tapi ia dipaksa untuk meninggalkan ruangan sebelum dia bisa mengatakan ada yang lain. Kelompok ini berhasil lolos, sementara gadis itu (sekarang tumbuh sepasang sayap bercahaya) jam tangan mereka meninggalkan – sementara kembali ruang, sesuatu tumbuh dalam kristal